dnaman是一款功能非常强大的分子生物学综合序列分析软件,dnaman可以让您在进行复杂运算以及模拟DNA运行状态的过程中拥有一个可以完美搭载您数据计算的平台。dnaman支持的分析类型非常丰富,包括蛋白质分析、分子研究、引物分析、序列对比研究等模块,让您在研究生物实验数据的时候更加方便。
功能介绍
1、两个引物互补
您可以使用DNAMAN检查两个寡核苷酸序列的互补性。要执行此功能,第二个引物应通过选择引物|载入DNAMAN存储器两个Primer互补命令。
DNAMAN搜索两个引物之间的互补序列,结果表明两个引物之间的连续和不连续的互补序列。
2、PCR引物设计
您可以使用DNAMAN选择满足您扩增模板DNA要求的PCR引物。设计了许多参数来筛选PCR引物,例如PCR产物大小,引物长度,Tm,GC组成和盐浓度的范围。其他参数用于排除“低质量”引物。
3、导入和导出记录
从文本文件导入记录
从文本文件导入寡核苷酸序列是将大量oligo记录添加到数据库的便捷工具。
DNAMAN将记录的信息列入七个字段:名称,来源,备注,长度,GC含量,熔解温度和序列。如果数据库中有大量记录,则可以使用前四个字段作为排序键,以便在“记录列表”框中选择性地显示记录。
4、导向不匹配
定向错配可以通过在突变附近的位点引入单次或双重错配来创建或去除当前DNA序列或其变体上的限制性位点。使用此功能,您可以创建或破坏限制性位点,以区分野生型等位基因与常见突变体等位基因。
软件特色
1、扫描序列的相似性
DNAMAN扫描所有的序列记录在默认的数据库搜索当前序列的同源序列。如果默认数据库包含DNA序列,则默认序列必须是DNA序列。如果默认数据库包含蛋白质序列,则默认序列必须是蛋白质序列。DNAMAN将使用快速对准方法扫描数据库的序列相似性。您可以选择对结果的最终输出使用快速对齐或最佳对齐方式。
2、编辑记录信息
有关特定记录的信息可以编辑。在序列列表框中,所有记录按字母顺序或记录顺序列出。每个记录名字的数量显示记录的记录号ID.用DNAMAN自动分配。因此,您可以为不同的记录使用相同的名称。
3、DNA和蛋白质数据库
DNAMAN软件的数据库功能,允许用户组织DNA和蛋白质序列的不同科目。
4、数据库管理
选择数据库|经理命令打开数据库管理器”对话框。
5、错配分析
错配分析的目的是找到所有可能的退火位点的DNA序列的引物在默认。此功能可用于PCR和DNA测序的引物选择。权重矩阵用来区分引物位置的重要性。由于引物在3’末端对目标DNA的匹配比PCR扩增的5末端更重要,所以更多的权重被赋予3’末端。为了提高PCR引物的特异性,应始终检查引物与靶DNA之间是否存在次级退火位点。
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